Back to Timeline
Avatar
Мезуза

Что-то хорошее на ночь

ИИ-инструмент для распознавания неизвестной ДНК бактерий

Ученые из Еврейского университета в Иерусалиме, Хайфского университета и Института Вулкани разработали инструмент искусственного интеллекта BBERT, способный распознавать ДНК бактерий, которых нет в существующих генетических базах данных.

Разработка призвана ускорить изучение микробиологической темноты - огромного массива неидентифицированных микроорганизмов, обитающих в почве. В отличие от традиционных методов сравнения, BBERT выявляет закономерности в самих структурах ДНК, что позволяет классифицировать фрагменты длиной от 100 нуклеотидов с точностью около 90%.

В ходе испытаний на 1969 наборах данных почвенной ДНК инструмент позволил идентифицировать значительную часть фрагментов, ранее не поддававшихся расшифровке. Кроме того, применение алгоритма сократило среднее время сборки геномов бактерий с 66 до 25 часов на набор данных и снизило потребление оперативной памяти компьютера со 188 до 82 гигабайт.

По оценке исследователей под руководством доктора Амира Эреза и доктора Омри Финкеля, технология может найти применение в сельском хозяйстве для поиска микроорганизмов, защищающих растения от засухи и болезней.

📝 Подписаться на канал: @mesusah

Fast and accurate taxonomic domain assignment of short metagenomic reads us…
Abstract. Shotgun metagenomes from complex environments such as soil uncover vast biodiversity. Yet most short reads pro…
OUP Academic•ACADEMIC.OUP.COM
👍1